Universität Tübingen

Die Gruppe von Oliver Kohlbacher wurde 2003 gegründet und beschäftigt sich schwerpunktmäßig mit dem Entwurf von Arzneistoffen, Immunoinformatik, Strukturbioinformatik sowie Bioinformatikanwendungen in Proteomik, Metabolomik und Systembiologie. Dabei kooperiert die Gruppe sehr eng mit einer breiten Vielfalt an experimentellen Gruppen, um Zugriff auf aktuelle und relevante Datensätze zu haben.

Neben klassischen Methoden der Strukturbioinformatik stehen methodisch kombinatorische Optimierung, Graphentheorie und maschinelles Lernen im Vordergrund.  Um die Methoden verfügbar zu machen, entwickeln wir im großen Maßstab federführend an Open-Source-Softwarepaketen in der Bioinformatik mit, z.B. BALL (Strukturbioinformatik), OpenMS (Proteomik) und BiNA (Netzwerkanalyse).


Ausgewählte Referenzen

OpenMS – A platform for reproducible analysis of mass spectrometry data
Pfeuffer, JU, Sachsenberg, T, Alka, O, Walzer, M, Fillbrunn, A, Nilse, L, Schilling, O, Reinert, K, and Kohlbacher, O.
J. Biotechnol.:S0168-1656(17)30251-1 (2017).

ImmunoNodes – Graphical Development of Complex Immunoinformatics Workflows
Schubert, B, de la Garza, L, Mohr, C, Walzer, M, and Kohlbacher, O.
BMC Bioinformatics (2017)

Learning from Heterogeneous Data Sources: An Application in Spatial Proteomics
Breckels, LM, Holden, S, Wojnar, D, Mulvey, CM, Christoforou, A, Groen, A, Kohlbacher, O, Lilley, KS, and Gatto, L.
PLoS Comput. Biol., 12(5):e1004920 (2016).

Mass Spectrometry-based Proteomics Reveals Organspecific Expression Patterns To Be Used as Forensic Evidence
Dammeier, S, Nahnsen, S, Veit, J, Wehner, F, Ueffing, M, and Kohlbacher, O.
J. Proteome Res., 15(1):182-92 (2016).

From the Desktop to the Grid and Cloud: Conversion of KNIME Workflows to gUSE
de la Garza, L, Aicheler, F, and Kohlbacher, O.
Proc. Int. Workshop Science Gateways (IWSG 2016).

From the Desktop to the Grid: scalable Bioinformatics via Workflow Conversion
de la Garza, L, Veit, J, Szolek, A, Röttig, M, Aiche, S, Gesing, S, Reinert, K, and Kohlbacher, O.
BMC Bioinformatics, 17(1):127 (2016).

Kontakt

 

Prof. Dr.-Ing. Oliver Kohlbacher
Universität Tübingen
Fachbereich Informatik
Angewandte Bioinformatik
Sand 14
72076 Tübingen

Telefon: +49-7071-29-70458
oliver.kohlbacher@uni-tuebingen.de
http://kohlbacherlab.org/